Citata per la prima volta, come Muciano, in un documento del IX secolo, ha origini ben più antiche, come testimoniato dal rinvenimento nella zona di alcuni reperti risalenti al periodo compreso tra l’età eneolitica e quella del bronzo. La prima parte del toponimo deriva probabilmente dal nome latino di persona MUTTIUS, con l’aggiunta del suffisso –ANA, indicante appartenenza; la seconda, aggiunta con un regio decreto del 1967, richiama il torrente che ne attraversa il territorio. Donata durante la dominazione dei franchi alla chiesa di Aquileia, entrò poi a far parte dei possedimenti patriarcali.
Sottoposta, dall’inizio del XIII secolo, alla giurisdizione dei conti di Gorizia, cui subentrarono i signori di Ragogna e quelli di Colloredo, nel corso del Trecento fu travagliata dalle lotte tra i nobili, gli ecclesiastici e le varie comunità per il predominio sul territorio, venendo devastata, agli inizi del XV secolo, dalle soldatesche di Carlo Malatesta.
Nel 1420 passò alla Repubblica di Venezia, sotto la quale le già misere condizioni di vita della popolazione peggiorarono a causa di pestilenze, terremoti e delle incursioni dei turchi, provenienti dalla Dalmazia. Fedele alla Serenissima nella guerra, del 1513, contro l’Austria, per la conquista della fortezza di Marano, subì l’atroce vendetta degli austriaci, che accecarono i prigionieri muzzanesi.
Dopo un periodo di dominio austriaco, tornò ai veneziani fino all’avvento di Napoleone, seguito dall’ingresso nel regno italico, nell’impero austro-ungarico e, nel 1866, nell’Italia unita. L’elemento di maggiore spicco nel patrimonio storico-architettonico è la chiesa parrocchiale, dedicata a San Vitale Martire.